С ноябре 2009 года в Университете им. Д.А. Кунаева была внедрена Система менеджмента качества образования (СМК). Отдел системы менеджмента качества, участвуя в разработке и развитии эффективной системы управления качеством основных видов деятельности Академии на основе требований МС ИСО 9001-2008 и СТ РК ИСО 9001-2009, играет важную роль в обеспечении гарантии качества и прозрачности системы образования, прохождении государственной аттестации и международной аккредитации.
В марте 2023 г. Университет Кунаева прошел Международную сертификацию по стандарту ISO 37001:2016. Стандарт предназначен для поддержки внедрения антикоррупционных систем управления, усиления текущего контроля, а также способствует снижению риска взяточничества. Сертификация по стандарту ISO 37001:2016 является доказательством борьбы с коррупцией внутри организации и позволяет продемонстрировать соответствие лучшим мировым практикам.
Также с марта одним из первых в Казахстане внедрили Международную сертификацию по стандарту ISO 21001, по результатам которого был получен сертификат соответствия. ISO 21001:2018 предлагает учебным заведениям, предоставляющим услуги образования, единый инструмент для управления процессами организации в целях улучшения качества услуг и оправдания ожиданий тех, кто их получает.